在《天空之迹》第二章事件发生半年后，利伯尔再次恢复了平静——但即使在和平时期，由于古代文物的影响，仍有许多杰出和幸运的人因贪婪而燃烧。大多数人仍然没有意识到他们滥用权力，但对于心爱的塞普提亚教会最神秘的命令，格拉尔斯里特来说，扼杀这些潜在的恶棍并以他们的名义索取文物就像承认一个人对女神的信仰一样日常。
在另一个成功完成任务的前夕，高级成员凯文·格雷厄姆神父立即被指派去取回另一件位于格兰塞尔大教堂下方的神器。更重要的是，尽管这是一项他可以轻松独自完成的任务，但他必须不情愿地与他的新成员、新秀 Gralsritter 和儿时的朋友 Ries Argent 修女合作完成。
就这样开始了一项例行任务的开始，它变得完全不同，深入研究一个新的神秘领域，遵循一套不自然的严格规则：幻影。其中，塞普提亚教会的历史以及许多为了利贝尔的未来而拿起武器的熟悉面孔的过去将被揭露......有些人可能最好永远闭门造车。
